Purkyňovou touhou bylo věnovat se tvůrčí badatelské práci, v té spatřoval své životní poslání. Podmínky pro tuto činnost mu mohlo poskytnout jen místo profesora na některé univerzitě. Purkyně se v letech svého asistentského působení u profesora Ilga pečlivě a cílevědomě připravoval na budoucí konkurzní řízení – neboť tak byla místa na univerzitách obsazována –, aby obstál. Představa, že Purkyně pomýšlel na místo profesora již čtyři roky po promoci, je snad pro současného čtenáře překvapivá, ale situace na vysokých školách v Rakousku byla v prvních desetiletích 19. století jiná než dnes. Srovnáme-li Purkyňův věk – promoval v jednatřiceti letech – s věkem jeho profesorů, nenacházíme velký rozdíl. Stejně starý byl profesor chemie Pleischl, Nádherný byl o dva roky mladší, farmaceutovi a chemikovi Freyszmuthovi bylo třicet dva let, třicet šest bylo Wawruchovi a Krombholzovi.

Purkyně se postupně účastnil konkurzu na místo uvolněné profesorem Wawruchem v Praze, následoval konkurz v Pešti a konečně ve Štýrském Hradci. V žádném z nich neuspěl.

Marné pokusy o profesuru v Rakousku vysvětloval O. Matoušek posudkem na Purkyňovo konkurzní řízení právě ve Štýrském Hradci. Posudek zpracoval Ignác Florentin Nádherný, kterého o to požádalo místodržitelství. Nádherný se stal v roce 1812 profesorem teoretického lékařství a poté řádným profesorem státního lékařství. V roce 1819 byl jmenován guberniálním radou a zdravotním referentem pro Čechy. Z toho vyplývalo, že byl zároveň trvalým členem akademického senátu univerzity a prezidentem lékařské fakulty. Vykonával tak dozor nad veškerými lékařskými záležitostmi v Čechách, byl i cenzorem všech vydávaných publikací, knih a časopisů. Jeho postavení bylo silné i tím, že byl dobře zapsán na nejvyšších místech ve Vídni, především u osobního lékaře panovníka barona Stiffta. Nádherného současníci se o tomto všemocném pánu nad zdravotnictvím v Čechách vyjadřují rozporuplně. Uznávají jeho organizační schopnosti i zásluhy o úroveň zdravotnictví a výuky na fakultě, kladně hodnotí to, že zřídil porodnici a nalezinec na Větrníku a organizoval očkování proti neštovicím. Na druhé straně je mu vytýkána jeho byrokracie, pedantství a autokratický přístup. Jeho nepřátelé ho nazývají intrikánem a jednookým tyranem – Nádherný totiž neviděl na levé oko.

J.E. Purkyně


V době, kdy působil jako profesor ve Vratislavi, vstoupil J. E. Purkyně v Berlíně do zednářské lóže na doporučení svého příznivce profesora Rusta, který byl jejím velmistrem.

 Zatímco v Rakousku bylo zednářství přísně zakázáno, v Prusku se dokonce těšilo přízni členů královské rodiny.

 Do lóže vstoupil, protože souhlasil s myšlenkami humanity a dobročinnosti, což bylo jednou složkou zednářské činnosti.

 V roce 1855, kdy byl již profesorem v Praze, rakouská policie zachytila seznam členů pruských zednářských lóží a nalezla v něm Purkyňovo jméno. Bylo proti němu zahájeno trestní řízení. Řízení bylo později zastaveno cestou císařské milosti, a to s ohledem na politické vztahy k Prusku.

V purkyňovské literatuře je vztah Nádherného k Purkyňovi líčen jako kladný. Matoušek v archivu pražského gubernia nalezl zmíněný posudek, v němž Nádherný odpovídá na dotazy místodržitelství: „Purkyně s úspěchem vedl anatomická cvičení a prokázal tak pedagogické schopnosti, v době svého praktikování na chirurgické klinice o pacienty ochotně pečoval. Jeho pověst je bez poskvrny.“ Poslední otázka se týkala případného členství kandidáta v tajné společnosti a zněla: „Byl v tajné společnosti a je s ní ještě ve spojení?“ Podle Matouška odpověď Nádherného zněla: „Byl členem tajné společnosti a je s ní ještě ve spojení.“ Taková odpověď vzbuzuje rozpaky. Jestliže Nádherný věděl o Purkyňově členství v tajné společnosti, což bylo v Rakousku přísně zakázáno a považováno za trestný čin, pak z toho měl vzhledem ke své funkci vyvodit důsledky. Jak vůbec mohl připustit, aby taková osoba pracovala na lékařské fakultě, a dokonce ji doporučovat na místo profesora? Nádherný si musel být vědom, že taková informace zcela znemožňuje v konkurzu uspět. Pokud byl Purkyňovi přátelsky nakloněn, jak se často uvádí, mohl se tvářit, že o takovém členství neví. Tento Matouškův archivní nález publikovaný v roce 1953 pak opakují některé Purkyňovy životopisy našich, a dokonce i zahraničních autorů a jako pravděpodobná tajná společnost se uvádějí ilumináti.

Zmíněný posudek se nalézá v archivu pražského místodržitelství, karton 1267, obsahující spisy z let 1821–1825. Posudek je přirozeně psán německy a odpověď na čtvrtou otázku dotazníku v originále zní: „Gehörte weder früher zu einer geheimen Gesellschaft, noch steht gegenwärtig mit einer solchen in Verbindung.“ Matoušek, jak se ukázalo, tuto větu nepřečetl celou. Opominul slovo „weder“. Bez tohoto slůvka opravdu věta v českém překladu zní: „Náležel dříve k tajné společnosti a ještě je s ní ve spojení.“ „Noch“ znamená německy „ještě“, ale pokud je ve větě dvojice „weder – noch“, znamená to „ani – ani“. Tedy správně překlad zní: „Nenáležel dříve k tajné společnosti ani s takovou není v současnosti ve spojení.“

Purkyně se však později opravdu členem tajné společnosti stal. Již jako profesor ve Vratislavi vstoupil v Berlíně do zednářské lóže na doporučení svého příznivce profesora Rusta, který byl jejím velmistrem.

Zatímco v Rakousku bylo zednářství přísně zakázáno, v Prusku se naopak těšilo přízni členů královské rodiny. V Prusku byl zednářem korunní princ, dále lékaři, důstojníci a další osoby významného postavení. V roce 1855, kdy byl již Purkyně profesorem v Praze, rakouská policie zachytila seznam členů pruských zednářských lóží a nalezla v něm Purkyňovo jméno. Bylo proti němu zahájeno trestní řízení. Při výslechu Purkyně přiznal, že se členem lóže v Berlíně opravdu stal, že zednáři byli i četní univerzitní profesoři a další významné osobnosti. Do lóže vstoupil, protože souhlasil s myšlenkami humanity a dobročinnosti, což bylo jednou složkou zednářské činnosti. Na svou obhajobu uváděl, že o zákazu zednářství v Rakousku nevěděl, a že tedy své členství ukončí. Celé trestní řízení proti Purkyňovi a několika dalším rakouským zednářům bylo pak zastaveno cestou císařské milosti, a to s ohledem na politické vztahy k Prusku.