U zánětlivých chorob se podává jednou týdně, zatímco u zhoubných bujení je dávka vyšší a lék je užíván častěji. Byly doloženy případy chybného dávkování, kdy pacienti nesprávně dostávali dávku každý den namísto každého týdne, což mělo i vážné důsledky. Ačkoli riziko chybného dávkování methotrexátu bylo uznáno již před řadou let a v některých zemích Evropské unie (EU) existuje několik opatření k jeho snížení, stále dochází k závažným nežádoucím příhodám (včetně úmrtí) souvisejícím s předávkováním. Španělská léková agentura proto požádala PRAC, aby dále zkoumal důvody, proč chyby při dávkování přetrvávají, aby bylo možné identifikovat a zavést opatření, jimiž jim bude možné předcházet.