Purkyně zesnul po dlouhé nemoci ve středu 28. července 1869, krátce před polednem. V sobotu 31. července se konal pohřeb na Vyšehradském hřbitově. Jeho průběh byl pečlivě připravován. Smuteční průvod vycházel od Purkyňova bytu ve Spálené ulici v šesthodin večer, procházel ulicí Ovocnou (dnes 28. října), přes Můstek, Rytířskou ulicí, Karolinem, dále Královskou třídou, ulicí Havířskou, přes Příkopy a Václavské náměstí, Vodičkovou ulicí, na Karlovo náměstí a pokračoval ulicí Emauzskou (dnes Vyšehradskou) ažna Vyšehradský hřbitov.
Městská rada rozhodla vyvěsit černé prapory na obecních domech, kudy bude smuteční průvod procházet: na vyšší dívčí škole, na věži Novoměstské radnice, na Hrádku, na Staré rychtě u svatého Bartoloměje. Kostelík svatého Bartoloměje se nacházel v místech rozvětvení dnešních ulic Na Slupi a Vyšehradské, tam, kde nyní stojí ministerstvo spravedlnosti.
K účasti na pohřbu se hlásilo několik desítek spolků a organizací. Vítězslav Hálek oznamuje, že Umělecká beseda hodlá k pohřbu svého místopředsedy vyjít s praporem. Julius Zeyer jménem Akademického čtenářského spolku sděluje, že se pohřebního průvodu zúčastní s praporem a ze svého středu vyšloudvacet čtyři studujících, kteří s tupými meči budou tvořit kolem rakve čestnou stráž. Primátor hlavního města Prahy oznamuje policii, že se pohřbu čestného setníka Jana Purkyně zúčastní celý ozbrojený měšťanský sbor s praporem a hudbou. Pořadí dvaceti devíti spolků v pohřebním průvodu bylo přesně stanoveno. Jako první bude kráčetSokol pražský, poté měšťanské besedy a následujíměstské ozbrojené sbory. Poté bude následovat rakev, kterou budou střídavě nést členové Spolku lékařů českých, Akademického čtenářského spolku, Umělecké besedy, Hlaholu a Sokola. Za rakví půjdou členové akademického senátu, sbory profesorů pražské univerzity a polytechniky. Mezi dalšími členy průvodu uveďme americký klub Dán, Slovenskoulípu, Průmyslovoujednotua představitelespolečenstev řemeslníků a dělnických spolků.
Průvod vyšel ze Spálené ulice o šesté hodině a na Vyšehrad dorazil za počínajícího soumraku v půl deváté večer. Nad hrobem promluvil probošt vyšehradské kapituly V. Štulc a pěvecké spolky zazpívaly chorál. Za světel pochodní v hlubokém tichu rakev ozdobenou vavřínovým věncem a červeno-modr-bílouslovanskou trikolorou spustili do hrobu čtyři bývalí Purkyňovi asistenti: Frič, Grégr, Chodounský a Novotný.
Purkyňova památka byla uctěna i v řadě dalších měst. Rekviem se konalo v Benešově, Chrudimi, Strakonicích, Mělníku, Plzni.
Vídeňský lékařský časopis uveřejnil nekrolog, který připomněl nejen jeho významné objevy, ale mluví i o jeho obtížích a umlčování jeho svobodomyslnosti. Čeští krajané žijící za mořem rovněžuctili Purkyňovu památku. Bývalý profesor filozofie František Ladimír Klácel, který se odstěhoval do Ameriky, vydal letáček s básní oslavující českého vědce, která začíná slovy „Slavme Purkyně našeho“.
Při uvedeném pohřbu byla rakev uložena do hrobu prozatímního, na současné místo byla přenesena dodatečně. Současný Purkyňův pomník nad jeho hrobem zajistil spolek Svatobor, který o nějdodnes pečuje. Pomník je vybudován z hořického pískovce, nese Purkyňův bronzový reliéf a mramorovou desku s heslem zesnulého: „Pokud a kde Bůh žíti povelí, buď věren vlasti, víře, příteli.“ Byl odhalen 1. listopadu 1876 za velké účasti korporací, spolků a studentů.